Le collezioni comprendono un cospicuo numero di esemplari che in parte furono dati in deposito al museo dal Regio Istituto Tecnico (l’attuale Istituto “Romagnosi”) e in parte sono il frutto del lavoro di raccolta e classificazione di studiosi e appassionati quali il professore Giacomo Trabucco per quanto riguarda le rocce, i minerali, i fossili, gli animali e le piante; il medico e ornitologo Edoardo Imparati per quanto concerne l’ampliamento della raccolta degli uccelli; gli studiosi di flora del piacentino Parmigiani e Pavesi, infine, per gli erbari.
Nel corso degli ultimi anni il Museo si è arricchito di tre importanti collezioni: la Collezione malacologica Raimondo Del Prete, la collezione mineralogica Giovanni Dosi.

In attesa della nuova sede, dal ottobre 2025 una parte delle collezoni del museo è ospitata nello spazio mostre di Palazzo Farnese